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胡明博士与大家分享最新生物医学统计研究成果

  发布日期:2017-01-11  浏览量:543


2017110日上午1000-11:00,美国克里夫兰诊所Lerner研究中心数量健康科学系助理研究员胡明博士,应邀在澳门新莆京娱乐网站磬苑校区理工H306报告厅作了题为“A Compendium of Chromatin Contact Maps Reveal Spatially Active Regions in the Human Genome”的专题报告,澳门赌搏网站大全的老师学生及文典学院的学生聆听了本次报告会。

                    

    报告会上,胡明博士首先向大家先容了什么是染色质,并讨论了大家为什么要研究染色质的三维空间结构。紧接着向大家先容了Hi-C技术以及最近的生物学发现,包括拓扑关联区域和染色质环,并引入一些公开研究问题。例如在不同类型的细胞中,拓扑关联区域和染色质环高度相似。那么是否有细胞类型特异性染色体三维空间结构特征?胡明博士向大家展示了他们科研团队最近研究成果,其中一些成果对人类某些疾病的治疗带来希翼和突破。胡明

博士的合作文章“Topological domains in mammalian genomes identified by ana-lysis of chromatin interactions2012年在Nature上发表。短短这几年,引用率不断增加,目前谷歌引用率超过1300余次,SCI引用率超过950余次。最后,胡明博士和在座的师生共同探讨了数学、统计学等理论常识及染色体三维空间结构测量技术、四维时空动态测量技术等科学技术给生物医学统计带来的机遇与挑战,勉励在座的本科生、研究生及科研工编辑努力学习科学学问常识,为解决人类发展所遇到医疗疾病问题等而贡献力量。

                         

 

                                  

 

报告人概况:胡明博士,1984年生,2006毕业于中国科学技术大学统计与金融系,获统计学学士学位及郭沫若奖学金;2008年于密歇根大学生物统计系获生物统计硕士学位;2010年于密歇根大学生物统计系获生物统计博士学位。2006年至2007年两次获得理查德 G. 康奈尔奖学金。2008年获Best Performance in Qualifying Exam(博士资格考试第一名)。2008年至2010年三次获得Rackham Conference Travel Grant AwardRackham会议旅行资助)。工作经历:20109月至20137月于哈佛大学统计系从事博士后研究工作,博士后导师为哈佛大学著名统计学家刘军博士;20138月至20167月在纽约大学医学院公共健康系生物统计组任职助理教授;20168月至今在克里夫兰诊所Lerner研究中心数量健康科学系任职助理研究员。研究领域包括统计基因学和基因组学中的模型和计算问题、生物信息学、计算生物学中的应用、蒙特卡罗方法等等。目前主持美国国立卫生研究院项目《The San Diego Center for 4D Nucleome Research》克里夫兰诊所子课题项目一项,经费 $500,000

代表性研究成果如下:

1.      Hu M and Qin ZS. (2009) Query large scale microarray compendium datasets using a model-based Bayesian approach with variable selection. PLoS One, 4(2): e4495. 影响因子:3.234.

2.      Hu M, Yu J, Taylor JMG, Chinnaiyan AM and Qin ZS. (2010) On the detection and refinement of transcription factor binding sites using ChIP-Seq data. Nucleic Acids Research, 38(7), 2154-2167. 影响因子:9.202.

3.      Hu M, Zhu Y, Taylor JMG, Liu JS and Qin ZS. (2012) Using Poisson mixed-effects model to quantify transcript-level gene expression in RNA-Seq. Bioinformatics, 28(1): 63-68. 影响因子:7.685.

4.      Hu M, Deng K, Selvaraj S, Qin ZS, Ren B and Liu JS. (2012) HiCNorm: removing biases in Hi-C data via Poisson regression. Bioinformatics, 28(23): 3131-3133. 影响因子:7.685.

5.      Hu M, Deng K, Qin ZS, Dixon J, Selvaraj S, Fang J, Ren B and Liu JS. (2013) Bayesian inference of spatial organizations of chromosomes. PLoS Computational Biology, 9(1): e1002893. 影响因子:4.587.

6.      Hu M, Deng K, Qin ZS and Liu JS. (2013) Understanding spatial organizations of chromosomes via statistical analysis of Hi-C data. Quantitative Biology, 1(2), 156-174.

7.      Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, Hu M, Liu JS and Ren B. (2012) Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature, 485, 376-380. 影响因子:38.597

8.      Xu Z, Zhang G, Jin F, Chen M, Furey TS, Sullivan PF, Qin ZS, Hu M* and Li Y*. (2015) A hidden Markov random field based Bayesian method for the detection of long-range chromosomal interactions in Hi-C data. Bioinformatics. 32(5): 650-656. *Co-corresponding author. 影响因子:7.685.

9.      Xu Z, Zhang G, Duan Q, Chai S, Zhang B, Wu C, Jin F, Feng Y, Li Y* and Hu M*. (2016) HiView: an integrative genome browser to leverage Hi-C results for the interpretation of GWAS variants. BMC Research Notes. 9(1): 159. *Co-corresponding author.

10.  Xu Z, Zhang G, Wu C, Li Y* and Hu M*. (2016) FastHiC: a fast algorithm to detect long-range chromosomal interactions from Hi-C data. Bioinformatics. 32(17): 2692-2695. *Co-corresponding author. 影响因子:7.685.

11.  Schmitt AD*, Hu M*, #, Jung I, Xu Z, Qiu Y, Tan CL, Li Y, Lin S, Lin Y, Barr CL and Ren B#. (2016) A compendium of chromatin contact maps reveal spatially active regions in the human genome. Cell Reports. 17(8): 2042-2059. *Co-first author. #Co-corresponding author. 影响因子:7.870.

12.  Schmitt AD, Hu M* and Ren B*. (2016) Genome-wide mapping and analyses of chromosome architecture. Nature Reviews Molecular Cell Biology. In press. *Co-corresponding author. 影响因子:40.923.

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